Pada tahun 1512 juga Afonso de Albuquerque
mengirim Antonio Albreu dan Franscisco Serrao untuk memimpin armadanya mencari
jalan ke tempat asal rempah-rempah di Maluku. Sepanjang perjalanan, mereka
singgah di Madura, Bali, dan Lombok. Dengan menggunakan nakhoda-nakhoda Jawa,
armada itu tiba di Kepulauan Banda, terus menuju Maluku Utara hingga tiba di
Ternate.
Kehadiran Portugis di perairan dan kepulauan
Indonesia itu telah meninggalkan jejak-jejak sejarah yang sampai hari ini masih
dipertahankan oleh komunitas lokal di Nusantara, khususnya flores, Solor dan
Maluku, di Jakarta Kampong Tugu yang terletak di bagian Utara Jakarta, antara
Kali Cakung, pantai Cilincing dan tanah Marunda.
Bangsa Eropa pertama yang menemukan Maluku adalah
Portugis, pada tahun 1512. Pada waktu itu 2 armada Portugis, masing-masing
dibawah pimpinan Anthony d'Abreu dan Fransisco Serau, mendarat di Kepulauan
Banda dan Kepulauan Penyu. Setelah mereka menjalin persahabatan dengan penduduk
dan raja-raja setempat - seperti dengan Kerajaan Ternate di pulau Ternate,
Portugis diberi izin untuk mendirikan benteng di Pikaoli, begitupula Negeri
Hitu lama, dan Mamala di Pulau Ambon.Namun hubungan dagang rempah-rempah ini
tidak berlangsung lama, karena Portugis menerapkan sistem monopoli sekaligus
melakukan penyebaran agama Kristen. Salah seorang misionaris terkenal adalah
Francis Xavier. Tiba di Ambon 14 Pebruari 1546, kemudian melanjutkan perjalanan
ke Ternate, tiba pada tahun 1547, dan tanpa kenal lelah melakukan kunjungan ke
pulau-pulau di Kepulauan Maluku untuk melakukan penyebaran agama. Persahabatan
Portugis dan Ternate berakhir pada tahun 1570. Peperangan dengan Sultan
Babullah selama 5 tahun (1570-1575), membuat Portugis harus angkat kaki dari
Ternate dan terusir ke Tidore dan Ambon.
Perlawanan rakyat Maluku terhadap Portugis,
dimanfaatkan Belanda untuk menjejakkan kakinya di Maluku. Pada tahun 1605,
Belanda berhasil memaksa Portugis untuk menyerahkan pertahanannya di Ambon
kepada Steven van der Hagen dan di Tidore kepada Cornelisz Sebastiansz.
Demikian pula benteng Inggris di Kambelo, Pulau Seram, dihancurkan oleh
Belanda. Sejak saat itu Belanda berhasil menguasai sebagian besar wilayah
Maluku. Kedudukan Belanda di Maluku semakin kuat dengan berdirinya VOC pada
tahun 1602, dan sejak saat itu Belanda menjadi penguasa tunggal di Maluku. Di
bawah kepemimpinan Jan Pieterszoon Coen, Kepala Operasional VOC, perdagangan
cengkih di Maluku sepunuh di bawah kendali VOC selama hampir 350 tahun. Untuk
keperluan ini VOC tidak segan-segan mengusir pesaingnya; Portugis, Spanyol, dan
Inggris. Bahkan puluhan ribu orang Maluku menjadi korban kebrutalan VOC.
kemudian mereka membangun benteng di Ternate
tahun 1511, kemudian tahun 1512 membangun Benteng di Amurang Sulawesi Utara.
Portugis kalah perang dengan Spanyol maka daerah Sulawesi utara diserahkan
dalam kekuasaan Spanyol (1560 hingga 1660). Kerajaan Portugis kemudian
dipersatukan dengan Kerajaan Spanyol. (Baca buku :Sejarah Kolonial
Portugis di Indonesia, oleh David DS Lumoindong). Abad 17 datang armada dagang
VOC (Belanda) yang kemudian berhasil mengusir Portugis dari Ternate, sehingga
kemudian Portugis mundur dan menguasai Timor timur (sejak 1515).
Kolonialisme dan Imperialisme mulai merebak di
Indonesia sekitar abad ke-15, yaitu diawali dengan pendaratan bangsa Portugis
di Malaka dan bangsa Belanda yang dipimpin Cornellis de Houtman pada tahun
1596, untuk mencari sumber rempah-rempah dan berdagang.